Ze biedt een ontmoetingsplaats aan, waar personnlijke aandacht gegeven wordt, zodat jongeren hun verhaal kwijt kunnen en tot rust kunnen komen. Jongeren op Doortocht verstrekt maaltijden, biedt mogelijkheden tot ontspanning, ontmoeting en gebed en in de toekomst tot douchen en kleding wassen.

Jongeren op Doortocht ondersteunt jonge migranten bij het zoeken naar de nodige medische zorg en medicijnen. Door vertrouwen te geven, biedt Jongeren op Doortocht geestelijk ondersteuning in de groei naar een menswaardig bestaan. Het nemen van de juiste beslissingen is hierbij belangrijk.

Jongeren op Doortocht maakt gebruik van een netwerk van overheidsinstellingen, kerken, NGO's, Don Bosco organisaties in Nederland en in het land van herkomst.